微生物肥料中起作用的主要就是菌，有些人對微生物肥料認識不夠，總以為菌在起作用，所以菌的數量越多，起到的效果就越好。但是事實可不是想的那么簡單。
不同菌種由于起到的作用也不一樣，所以不一定含量高效果就好。而同種菌種，一般來說菌種含量越高越好，當然也有一個限度，不是說無限制的越高越好。
現在有些菌肥產品的包裝上，為了吸引眼球，會標示上產品中含有幾十甚至上百億個菌，而現在能達到這么大含菌量的生產工藝與設備很少，而且成本也很高，更重要的是，這種產品根本不符合我國微生物肥料的生產標準。
目前市面上大致有
三大類微生物肥料，農用微生物菌劑、復合微生物肥料以及生物有機肥。每類所對應的標準規定中，都有對活菌數量的具體要求。
農用微生物菌劑的有關標準中規定：液體菌劑中活菌數大于等于2億/ml，粉狀大于等于2億/g，顆粒狀大于等于1億/g。
復合微生物肥料的有關標準中規定：有效活菌數大于等于0.2億/g。
生物有機肥的有關標準中規定：有效活菌數大于等于0.2億/g。
由于微生物肥料越來越受到歡迎，很多不良商家為了賺錢，在生產的有機肥包裝上標示含有菌種。
除此之外
有商家生產的也確實是微生物肥料，但為了更受追捧，會在包裝上顯著位置標出產品含有幾百或者幾千億的菌種。這種說法會引起大眾的歧義。
相關標準規定
因為如果按照微生物肥料生產的相關標準規定的話，一般只要1kg的產品的菌的含量就可以達到幾百乃至上千億。
不能片面判斷
微生物肥料種類很多，而其中的菌種的種類更多。不同的功能菌，其生產成本也相差甚遠。如果只看一類產品中菌的含量，就斷定這個產品的好壞，這時十分錯誤的想法。
微生物肥料在生產中，需要載體來承載菌種。
假如選定的每個載體可以承載1億個菌種，但是為了利益讓其承受超過2倍、5倍甚至是10倍的菌種數時，就會由于空間的狹小，以及營養的缺失造成大部分菌種的死亡，使肥料原本的功效大幅度降低。
