有機肥主要是改良土壤，增加土壤有機質，改善土壤水肥氣熱條件增加土壤透氣性，為根系生長創造一個良好環境，只有根好樹才好，樹好果才好。樹上的一切生命活動，長枝、長葉、成花、果個長大，都離不開根系吸收無機營養，才有葉片合成有機營養原料。

有機肥不但含有氮磷鉀，還含有各種中微量元素，它能提供果樹對各種營養元素的需求。雖然有機肥營養全，但因為含量低，遠遠滿足不了蘋果產量高對營養的需求，所以秋施基肥時應加上復合肥和中微量元素硅鈣鎂鉀，防止出現缺素癥。

有些人秋施基肥時，只施復合肥，不施有機肥，不知道復合肥只有在有機質的分解下，才能被根系吸收，只施復合肥土壤會越來越酸化，越來越板結，透氣不良引起根系死亡，只施復合肥土壤缺乏有機質，肥效利用率低。只施復合肥老天降雨或果園澆水，水滲的淺，不耐旱，還易土壤板結。只施復合肥，不施有機肥，樹體虛旺，容易出現缺素癥，不施有機肥，只施復合肥，上色不好，果實也吃著酸，硬度小。特別是觀光采摘果園，果實吃著不甜下年不走你果園啦。