微生物肥料生產條件和工藝過程與其它肥料間存在較大差異，菌肥生產中主要的技術有菌種（菌株）保存和選用、菌的發酵增殖擴繁、產品后的處理（混拌設備、烘干設備、造粒設備、包裝（分裝機）和質量檢驗等。要穩定持續生產出合格的產品，不僅需要配備相應的儀器設備和設施條件，而且要有一套可行的工生產工藝，在《農用微生物菌劑生產技術規程》（NY/T883-2004）中，對菌劑生產中所涉及的生產環境、生產車間、菌種、發酵增值、后處理、包裝儲運及質量檢驗等技術環節做出了具體要求。
不同種類微生物的生產和不同產品劑型對設備和工藝要求存在差異，在微生物的發酵增殖擴繁環節，可采用液體發酵、固體發酵、液-固兩相發酵生產方法，與之相應的設備配備要求也不同。
微生物肥料生產一般需要清潔衛生技術含量較高的菌種生產車間。在此車間需要無菌室、配料室、多級發酵增殖裝置、凈化空氣供氣系統以及分離干燥系統和分裝工段等。農村生產生物菌肥的企業可以向專門生產菌種的企業購買菌種，結合當地的市環境保護，利用農牧業廢棄物，如畜禽糞便、農產品加工廢棄物、秸桿等擴大生產運輸量大的固態生物肥。生產生物
有機肥，主要應配備一臺翻拌機，翻拌機有平地自由運行的柴油驅動和槽式電驅動，前者占地面積大保溫差，在冬季僅限于華南地區使用、后者保溫好單位面積產量高，但是一定的建槽資金，除此之外，根據具體情況，需秸稈粉碎機、運輸車、包裝設備等。
上海綠緣車間及實驗室
上海綠緣生產基地，擁有先進的理化檢測和生物檢測儀器設備，擁有有機、無機實驗室及萬級凈化微生物實驗室。所生產的有機肥、生物有機肥、復合微生物肥等碳菌肽素系列產品，采用麻餅、木薯粉、栗子渣等高品質純植物原料，經厭氧-嗜氧腐熟發酵而成，并特別添加枯草、地衣等芽孢桿菌，補充作物營養，并且可改良土壤，提高作物抗病抗害能力，克服了傳統糞便有機肥抗生素、病蟲卵、重金屬超標等弊病，產品通過有機投入物認證，可用于有機農業種植生產。
