合理使用有機肥和無機肥料可以提高農產品產量和品質，提高農產品的風味和耐儲性，并且可以帶來更高收益。但使用過多或不合理使用將產生兩個方面的負面影響。
一是養分失調，造成農產品質量下降，其主要問題是過量施用氮肥，造成土壤氮素過剩，不僅導致硝酸鹽污染地下水，而且會造成植物吸收硝酸鹽、亞硝酸鹽過量，導致農產品中硝酸鹽、亞硝酸鹽含量超標。
二是如有機肥和無機肥料中的一些污染物含量過高，會造成土壤與農產品中重金屬含量超標。
施用肥料不當對農業環境和農產品生產不良影響的原因主要來自如下幾個方面：
（1）使用污泥和污水灌溉，造成土壤重金屬污染與農產品污染物超標。（常見于化工廠附近的農田）
（2）過量施用氮肥、磷肥、使土壤氮、磷過剩，導致農產品與地下水硝酸鹽污染、江河、湖泊、池塘水體富營養化。
（3）使用未經無害化處理的畜禽糞便與其他有機廢棄物，導致土壤與農產品生物污染（主要重金屬、有害有機物等，生物污染指大腸桿菌、蛔蟲卵、沙門氏菌等致病微生物）。
注：一定要購買符合國家標準的有機肥與化肥，適量施肥。
